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接受训练。训练的种类有五种，即平衡、灵敏、力量、持久及特殊技巧。
平衡训练从走竹竿开始，当能够在滚圆的竹竿上行走而不滑下，就将竹竿逐渐升高，最终要升到三四十尺高，达到奔跑跳跃如履平地的境界，这样就能在树上、屋顶及墙头上下攀援，行走如飞。
灵敏的训练也是如此跳过插着刀片的绳子，在布满利刃、枪尖的狭道中拐弯抹角急速穿行。持久及力量的训练最为艰苦，如双手挂在树上，支持全身，下面放满暗器，不容你松手跳下，以恐惧来激发体内的潜能作长久的支持。
长跑更是忍者的基本功，要求连续跑上五十公里路而不停下来休息，日行百里是家常便饭。至于特殊技巧训练就更令人吃惊。除了上述说过的，还有徒手搏斗，投毒解毒等。化装术更是忍者的特长，他们能制造人*皮假脸，改换性别。让一个忍者在人群中穿行，由几个人在一旁辨认，结果各人所见都不相同，高矮胖瘦，不一而足，真可谓"千面人"。还有隐身术，比如忍者在烟雾中突然消失就是一种，那是忍者事先挖好的一个地洞，然后趁着烟雾掩护跳入地洞，令追捕者失去目标，以为真有"隐身术"。
体质训练：忍术对于身体训练的强度也是非常残忍的。忍术所包括的内容，每一项忍者都必须精通。并且每项训练，都全是死亡淘汰赛，无法承受的人是不允许生存的。除了常规训练外，忍术还包括多种“怪力训练”，忍者通过它进一步磨练意志，忍耐力，生存能力等等。
这种怪力训练诸如连续数天不食不动，杀死自己的同伴，以及与猛兽搏斗等，是令人难以想象的。通过这些死亡率极高毫无人性的修行，忍者从精神到**都实现了超人的飞越。获得了超越常人的毅力、耐力、战斗力。
通过忍术的训练而幸存的忍者，个个都是一部绝对可靠的全功率战斗机器。
忍者的武功与当时日本武士的武功有根本的区别，忍者由于执行任务的特殊，通常不用倭刀或者长矛，而使用便于携带的短兵器和暗器。
传说明朝中原武林曾出现过一种叫“八角菱”的暗器，乃是纯钢打造，利如刀，薄如纸，大小不过两寸，散射出来如漫天花雨，且“八角菱”上喂有剧毒，极有可能是来自日本忍者之手。而忍者的徒手搏击也是一绝，十根手指如钢似铁，穿胸破腹，撕颈裂头，瞬间使人至死，虽然不及中原武术博大精深，但实用性强。
忍者的居所也同样神秘莫测，处处机关暗通，这是为了防范其他割据势力手下忍者的威胁。往往从外表上看来只是一间普通的民宅，但是座位旁边的地板下一般安有转轴，当有敌人闯进住宅时，只需轻拍木板，背面立即翻转，露出兵器，操刀应战。顶蓬的木板往往也是活动的，拉下来便是折叠的楼梯，便于隐藏自己或逃跑。
东瀛扶桑传统的房门是拉门，正面容易被人堵截，且出入时声音较大，所以忍者的房门是转门，可以不露声色，出其不意反攻对方。墙板上则处处有暗门，或用于逃跑，或暗藏兵器，有一间甲贺流忍者房间墙内竟有十七个暗孔，三十多种不同的兵器，简直是个隐形的兵器展柜。
忍术的理论基础乃是由圣朝传来扶桑的孙子兵法而来，之后再加上扶桑人自己的修练道，以及在扶桑山民在山中的伏击技巧等发展融合而成。
在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。
在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。
在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
在扶桑战国时代，各个流派的忍术开始有了长足的进步，因为这个时代非常需要忍术、武术和兵法。
但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处，忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：武藏，甲斐，越后，信浓，伊贺，甲贺，纪伊。
其中伊贺流、甲贺流、纪伊流的忍术在日本是最为发达的。
忍者一般分为上忍、中忍、下忍这三个等级，而在甲贺流中并没有上忍这个称谓。
伊贺忍者强调的是个人作战能力，而甲贺忍者则强调的是集体作战的能力。
甲贺忍者只对自己的主公尽忠，而伊贺忍者则效力于出价最高的雇主。