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域追赶，务必全歼在逃倭寇。
前面已经说到，在明军攻打双屿港的前两天，日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎、武藤源六郎、织田信义和中国的王直等人带着六百名以日本人为主的队伍去了永宁，企图在永宁大捞一把。虽然由于日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎等人带走了六百人，使倭寇在双屿港的军事实力大为减弱，对明军攻打双屿港很有利，但是由于永宁的卫所官兵都被调出投入在海上拦截从双屿港逃出的倭寇，导致永宁几乎成为一座空城。当六百名倭寇杀入永宁城中，永宁的老百姓遭殃了。
却说永宁城内有一排水入海的渠道名叫“水关沟”，沟长一百七十丈，宽六尺，深七尺，水沟上面用石板覆盖。倭寇攻入城内后，在城内大肆烧杀抢掠。处于对老百姓的报复，倭寇在永宁城中见人就杀。老百姓无处躲藏，想起那排水沟在隐蔽处，都纷纷钻入排水沟躲藏，想不到排水沟被倭寇发现，于是杀红了眼的倭寇揭开覆在排水沟上面的木板，见人就砍，数万躲在沟内的居民全部被杀死，永宁城中尸积如山，血流成河。这是永宁历史上最大的惨剧。
倭寇在永宁城中大肆烧杀抢掠之后，带着大捞了一把的满足离开了永宁。他们准备回到双屿港后大吹大擂一番，想不到在回来的路上碰到了从双屿港逃出的人，告诉他们双屿港已经被明军毁灭了，双屿港的弟兄死了一千多人，现在已经无法再回双屿港了。于是六百名倭寇驾船向着女儿礁方向行驶。
虽然朱纨捣毁了双屿港，但是朱纨这时候也开始感到了一种无形的压力，这么大的一次针对倭寇的军事行动，闽浙地方的卫所为什么没有多大反响呢？即没有对双屿港的被捣毁表示称赞，也没有积极响应的态度。作为担任警戒海防的温州当地卫所，一部分卫所官员甚至对双屿港战事迟迟不予?报告，还有相当一部分温州卫所官员和担任着海防重任的官员甚至对双屿港战事隐瞒不报，这些现象都反映出严重的问题。更为严重的是，一些地方官甚至散步流言蜚语，恫赫支持攻打双屿港的官员。
对这些严重的问题，朱纨对有关当事人提出了严厉的批评。朱纨针对这些情况，下达了严厉的命令：
“即今海上用兵，申严号令，尚尔玩违无忌，平时交通，纵肆不问，可知合就查究，如再隐蔽迟延，即以违误军机论，以军法绝不轻恕。”
在朱纨严厉的督责下，温州的军政长官们的态度略有转变。
双屿港虽然被端掉，但是倭寇仍然非常猖獗，一系列的报告不断打到朱纨的官邸：
“据被获贼徒陈瑞言称，贼船具是小琉球国开洋而来，不知双屿港已经被官军攻破，今已经去下八山躲泊。”
“五月初五日，磐石卫宁村所捕获双桅草撇贼船一只，斩首级一颗，生擒贼犯王交、雷御等一十三名。”
“永嘉县民徐魁、吴合等自福建收买大木，雇船装至福宁州石澳洋，被贼船四十余只劫掠，夺取木船四十一只，烧毁一只，打破三只。这种海盗横行的现状，严重影响到正常的海上贸易。”
“十九日，温州府通判黄必显在永嘉县龙湾捕获出海的接济犯人杨换等六人，并夺取私船一只。”
“二十一日，馆头巡检司获有贼船放回上岸一人，系温州府差押大木船民沈济，于洋屿门洋被掳放回，此人带有贼票三张，僭称高元帅海道林副使名，素要赎银，并言称大小门有贼船二十余只栖泊于此，于官军只发生零星战斗。”
“有贼船分别泊于南麂、礁门、青山、下八诸岛，而南麂等岛屿有大贼船十六只在女儿礁、洞门和青岆门等处流动停泊。”
经朱纨统计，在双屿港被捣毁后的近两个月里，倭寇的走私船只还不断来到温州府附近海域，总次数已经达到一千二百九十四艘之多，其中除了极少数被击沉或者被烧毁外，绝大部分都还停留在温州沿海岛屿。朱纨感到倭患仍然还非常严重。于是朱纨于嘉靖二十七年五月提出上疏，提出“比照两广事体，由一人兼理两广巡抚，抚臣驻扎温州。”
直到六月二十日朱纨才得到一个好消息：卢镗与金山卫指挥吴川追击败残倭寇到达南麂岛的女儿礁、洞门礁、青岙等地，六月二十日，卢铛与金乡卫指挥吴川在追击倭寇战船中，倭寇一艘大型战船撞礁沉没，战船上的倭寇全部落水，明军战船围住贼船，将数十名落水者救出，经俘虏指认，倭寇中有倭寇主要头领许栋和许杜武二人。
朱纨得到这个消息非常高兴，尽管倭寇继续在四处活动，但是由于倭寇的多位头领相继被活捉，对倭寇的震慑一定不小。朱纨命令卢铛和吴川继续向南麂和磐石卫诸岛的倭寇进行穷追猛打。