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精粮足时，剿灭这些流贼不在话下，他还要开疆拓土。
日后他临幸江南或者御驾亲征时，南京可以作为暂时的国都使用。
因而，朱由崧延续崇祯帝的做法，这也算是保持了明末的特色了，在南京保留了一班人马，包括太监和锦衣卫在内，只是人员编制压缩了七成，只留下三成。
让年事已高的姜日广、刘宗周和黄道周在南京从镇经营陪都，军事上留下五万大军由阎应元等江阴三公负责南京的防守，他们在编制上属于京营兵的分支，即隶属于北京的京营兵。
然后朱由崧传旨，撤销五军都督府，成立京营殿帅，负责戍守京师，京营兵编制一共十五万，其中驻守北京的十万，驻守南京的五万，成立保护皇城和宫城的御林军，员额也是五万，设指挥使一人，指挥同知一人，指挥俭事一人，御林军直接对朱由崧负责，兵部和内阁均无权调动。
仍然设六部，但政权和军权分开，从此后内阁首辅不得再兼兵部尚书，地方上文官也不得再挂武衔，这意味着结束了长达二百多年文官压制武将的局面。
自洪武大帝朱元璋立国开始，大明朝文官压制武将的祸根就种下了。
朱元璋自作聪明，在北方驱赶了蒙元，在南方消灭了南汉王陈友谅和苏州王张士诚等，将各地的武装割局势力全部消灭了。
这些武将飞鸟尽，良弓藏。现在能帮他打听一下，将来就有可能推翻他的天下，因此，朱元璋设计把跟他一块儿打天下的淮西二十四将几乎全都收拾了。
但他仍然对武将不放心，于是让文官压制武将，从此以后朝中的权势大臣全是文官，有的甚至挂武衔，真正的武将戍守边疆，但这些武将只是屯兵练兵养兵，真正打仗的时候，他们并没有兵权，调不动一兵一卒。
这便是大明朝独有特色的卫所制，战争起来的时候，皇上另行委派武官拿着圣旨令箭从卫所里调兵，打完仗以后再把这些部队归还原来的卫所。
这样做武将们的实力被大大削弱，对他的中央政权是没有威胁了。但是有利必有弊，最大的弊端便是文官压制武将也便于拉拢武将而变得骄横跋扈，结党营私，甚至跟朝廷分庭抗礼，这便是后来的党争。
党争是大明朝灭亡的原因之一。
还有一个大的弊端是，卫所制下，军纪废弛，疏于训练。导致兵员素质严重下降，以至于到明朝后期，积重难返。大明的正规军打不赢山野流贼，更打不赢关外的鞑子。每每开战，只能凭大炮或者坚成被动防守，野战根本就是没有胜算。
朱由崧作为一个穿越人，当然知道明朝的这一弊端，要改变这些，必须从制度上进行根治，因此他就对这些进行了大刀阔斧的改革。
朱由崧这样做的结果是，文官和武将平起平坐，为下一步练兵尚武做准备。
经过多日准备，一个皇权专断的大帝国呼之欲出了。