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，亦是直接向皇帝负责的。
当然，科学院主要是主持科研工程，如蒸汽机、黑火药、火枪及火炮都是由科学院研发的，而且经过多年的长足发展，里边时不时的就有好东西出来。
虽然不收政务院和枢密院管辖，但是里边流出来的好东西，都是改善国计民生，增强军备的好东西，因此虽然职级相差很远，却能得到政务院和枢密院的尊重。
在世祖时期，因大肆征伐，且世祖雄才大略，能镇得住两院，两院加上科学院都在皇帝的统领下，齐心协力，将北方的宿敌辽国直接灭国，以前的敌人从此成为了大宋铁蹄之下的安分牧民。
之后就慢慢失衡了。
虽然军备的必要性仍然存在，但是相较于之前的恶劣环境，已经好了太多，而一旦承平，军事力量就是去了大舞台，文官们接过了权力的交接棒，开始民生治理。
世祖驾崩之前，文官对武将的优势还不明显，到了仁宗朝时，一切就大不一样了。
仁宗性情宽和，远不如世祖一般残酷。
且他在自身能力上，确实只是中人之姿，远远比不上世祖一般雄才大略，所以在治国理政上，大部分的政务都逐渐向政务院这边倾斜。
又加上仁宗子嗣艰难，仁宗的心思大多在后宫之上，随着政务院处理国政上越来越成熟，仁宗一个生长在后宫之中的人，也无法跟在官场沉浮了几十载的老油条们争斗，国政便逐渐把持在了政务院手中。
到后来仁宗以五十三岁高龄诞下皇子，即当今的天子赵曙，便将政务悉心交付政务院，一心教导赵曙。
等赵曙七岁之时，仁宗虽然在五十五岁仍然诞下一子，却身子终于撑不住，驾鹤西去，临终前拖政务院好好辅佐新皇，到现在已有十三年。
赵曙也从七岁成长到了二十岁，终于可以大婚亲政。
然而，这十三年之间，由于赵祯临死之前并未将赵曙的生母安排辅理国政，他的皇后又走得比他还早，赵曙实际上是在文官们的教导下长大的。
而没有了宫中牵制的政务院则趁机不断扩大自己的权势。
到赵曙亲政之时，已经发展到三品以下官员均有政务院任命，三品以上则由政务院推选，皇帝御批！
甚至在武将的升迁问题上，都由于枢密院失去了皇帝的强力支持逐步让渡到了政务院的手中。
人事权力的丧失，让皇权受到了极大的压制。
而在财政问题上，又由于当年的世祖深感于分封等对一国不利，直接定下祖制，后世子孙只享封号，不再享有封地税收的支配权益，其生活保障全由新成立的车马司负责，从皇室子弟之中挑选合适之人，充入车马司，由车马司来解决皇室子弟的生活问题。
国家财政，即国库，直接由三司负责，由政务院统一领导。
就是说，眼下的大宋，皇帝依然崇高无比，但是实际的人事权力、财政权力等，都已经绝大部分移交到了政务院手中。
这也是为什么赵曙一旦亲政，哪怕跟政务院撕破脸，也要派出一个所谓的监税司的原因。